如何刪除vcf檔案中特定模式後每一行的其餘部分？

Question

如何:從 vcf 檔案中的每一行中刪除符號後的數字。例子：

0|0:0.81        0|1:0.81        0|0:0.76        0|0:0.83
0|1:0.99        0|0:0.03        0|0:0.83        0|0:0.2

輸出應該是：

0|0        0|1        0|0        0|0
0|1        0|0        0|0        0|0

我已經嘗試過以下操作，但它會刪除第一個之後的所有內容:

sed 's/[:].*$//' file.vcf 

Answer 1

您想要從 中刪除:，然後直接刪除盡可能多的數字或點字元：

$ sed 's/:[0-9.]*//g' file.vcf
0|0        0|1        0|0        0|0
0|1        0|0        0|0        0|0

您還需要g在最後重複替換每行上的所有匹配子字串。

---

你的命令，

sed 's/[:].*$//' file.vcf 

將匹配第一個:字符，然後到行尾任意數量的字符。這就是為什麼你最終會得到

0|0
0|1

作為輸出。

這個和我建議的表達式之間的區別是.（匹配任何單個字元），我將其更改為[0-9.]限制我們實際要刪除的字元集。我們也無法將模式錨定到行尾，$因為我們還需要刪除行中間的內容。最後g，但我已經提過。