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For 迴圈迭代目錄樹，從同名檔案中提取結果

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For 迴圈迭代目錄樹，從同名檔案中提取結果

我有一系列目錄，全部具有list.txt相同的格式，我希望將結果放入一個文件中。我希望編寫一個腳本，該腳本將迭代地遍歷每個目錄樹，list.txt使用下面的 grep/awk 管道從文件中提取特定列而不包含文本，並將每個目錄的輸出寫入同一文件。

    grep 'bar[0-9]' file.txt | awk '{print $1}'

我嘗試了以下操作，但我不確定腳本中的循環到底哪裡出了問題。

#!/bin/bash
##Extract ligands from toplist and concatenate to file
for i in /home/ubuntu/Project/working/library_*/Results/list.txt
do
    grep 'bar[0-9]' i | awk '{print $1}' | cat ../output.txt i
done

目錄樹如下：

.
├── library_1-200
│   ├── Results
│   │   ├── complex
│   │   ├── sorted.txt
│   │   └── list.txt
│   ├── files
│   │   ├── output
│   │   └── txt
│   └── summary.txt
├── library_201-400
│   ├── Results
│   │   ├── complex
│   │   ├── sorted.txt
│   │   └── list.txt
│   ├── files
│   │   ├── output
│   │   └── txt
│   └── summary.txt
├── library_401-600
│   ├── Results
│   │   ├── complex
│   │   ├── sorted.txt
│   │   └── list.txt
│   ├── files
│   │   ├── output
│   │   └── txt
│   └── summary.txt
└── library_601-800
    ├── Results
    │   ├── complex
    │   ├── sorted.txt
    │   └── list.txt
    ├── files
    │   ├── output
    │   └── txt
    └── summary.txt

的範例list.txt，我只想將Name值放入output.txt

Name    Score
bar65    -7.8 
bar74    -7.5 
bar14    -7.5 
bar43    -7.4 
bar94    -7.4 
bar16    -7.4 
bar12    -7.3 
bar25    -7.3 
bar65    -7.3 
bar76    -7.3 
bar24    -7.3 
bar13    -7.3 
bar58    -7.2 
bar68    -7.2 
bar28    -7.2

解決方案是將“$i”放在我之前只有 i 的位置並修改為| cat >> ../output.txt

答案1

您正在使用i, 而不是$igrep 命令中的這種用法。

你說你想將它們全部放入單一檔案中，那麼最後一個指令應該是：

cat >> /home/ubuntu/Project/working/output.txt

要不就：

>> /home/ubuntu/Project/working/output.txt

答案2

除了修正原始程式碼中的一些小拼字錯誤（使用"$i"代替i並將輸出重定向到輸出檔案而不是嘗試輸出其內容）之外，如果您沒有數千個這樣的list.txt檔案：

awk '/^bar[0-9]/ { print $1 }' /home/ubuntu/Project/working/library_*/Results/list.txt >output.txt

這用於提取以字串開頭後跟數字的awk所有行的第一列。bar它對匹配 patten 的所有檔案執行此操作/home/ubuntu/Project/working/library_*/Results/list.txt。提取的資料被重定向到output.txt.

/home/ubuntu/Project/working/library_*/Results/list.txt當檔案名稱通配模式擴展到太多名稱時，循環就變得必要：

for pathname in /home/ubuntu/Project/working/library_*/Results/list.txt; do
    awk '/^bar/ { print $1 }' "$pathname"
done >output.txt

請注意，重定向輸出會更有效循環比每個單獨的awk呼叫。另請注意，它可以輕鬆完成檢測所需線路awk的工作，但這是不需要的。grepcat

如果您需要除第一行之外的所有行中的第一列（如範例資料中所示），您可以將程式碼中的條件awk從變更/^bar[0-9]/為FNR > 1。

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