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使用 awk 或 sed 在特定列中使用雙引號

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使用 awk 或 sed 在特定列中使用雙引號

我有這個意見：

##gff-version 3
chr1    TAIR10  mRNA    3631    5899    .   +   .   ID AT1G01010.1 ;geneID AT1G01010 ;gene_name AT1G01010
chr1    TAIR10  exon    3631    3913    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    3996    4276    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    4486    4605    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    4706    5095    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    5174    5326    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    5439    5899    .   +   .   Parent AT1G01010.1

我希望 ID、geneID 和gene_name 像下面的輸出一樣帶有雙引號：

  ##gff-version 3
    chr1    TAIR10  mRNA    3631    5899    .   +   .   ID "AT1G01010.1" ;geneID "AT1G01010" ;gene_name "AT1G01010"
    chr1    TAIR10  exon    3631    3913    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    3996    4276    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    4486    4605    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    4706    5095    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    5174    5326    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    5439    5899    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"

我一直在測試

awk '{sub($10, "\"&\""); print}' file.gtf

感謝您閱讀我的問題

答案1

又快又髒

sed -E 's#(ID|Parent|gene_name) ([0-9A-Za-z.]+)#\1 \"\2\"#g'

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