據我了解,mysql 與 Python 3 不相容。
conda install python=2.7.12
但這沒有用。我特別需要使用 mySQL,因為我正在嘗試執行 RepeatModeler(生物資訊學工具)來分析一些基因組資料。有人能幫忙嗎?我已經嘗試解決這個問題有一段時間了。謝謝!
答案1
你不知道。
Python 2 和 3 實際上是不同的語言/運行時
如果你呼叫python,它是python2,如果你需要python 3,它是python 3。
以 ubuntu 18.04 為例
直接呼叫 python 會給你
geek@heckate_router:~$ python
Python 2.7.15+ (default, Jul 9 2019, 16:51:35)
[GCC 7.4.0] on linux2
而Python3
給你
geek@heckate_router:~$ python3
Python 3.6.8 (default, Aug 20 2019, 17:12:48)
[GCC 8.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
基本上 python 2 和 3 可以而且確實共存。除非您需要特定版本,在這種情況下您可能需要像 virtualenv 這樣的東西。設定它超出了我的回答範圍
至於mysql
安裝 mysql 伺服器元包會安裝以下套件
The following additional packages will be installed:
libcgi-fast-perl libcgi-pm-perl libevent-core-2.1-6 libfcgi-perl
libhtml-template-perl mysql-client-5.7 mysql-client-core-5.7
mysql-server-5.7 mysql-server-core-5.7
它根本不需要 python。似乎有用於 mysql 的 python 和 python 3 庫...但是看看Repeatmodeler 的 github 頁面,它似乎基於 perl,沒有 python 先決條件。
實際上,你看待問題的方式是錯的。
有趣的是 github 頁面說
警告:有一個 bioconda 和 docker 套件浮動,以保證有一個功能性的 RepeatModeler 套件。兩者都不能正常工作。目前我們建議按照如下所述安裝該程式。
所以問題可能在其他地方 - 可能與您正在使用的 anaconda 存儲庫有關。