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如何用python程式碼處理資料夾中的所有文件

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如何用python程式碼處理資料夾中的所有文件

我在 python 中有以下程式碼：

#/usr/bin/python

from Bio import SeqIO

count = SeqIO.convert(“genome1.gbk”, “genbank”, “genome1.fasta”, “fasta”)

print("Converted %i records" % count)

此程式碼將 genbank 檔案“genome1.gbk”轉換為 fasta 檔案“genome1.fasta”。但現在我想用這段程式碼轉換目前資料夾中的所有檔案。目前資料夾中的所有文件都是 genbank 文件，我希望使用此程式碼將它們轉換為 fasta 文件。我正在考慮使用通配符，但我不知道如何更改此程式碼。任何幫助表示讚賞

答案1

與Python的os.scandir特徵：

#/usr/bin/python

from Bio import SeqIO
from os import scandir

with scandir() as it:
    for entry in it:
        if entry.name.endswith('.gbk') and entry.is_file():
            count = SeqIO.convert(entry.name, 'genbank', '{}.fasta'.format(entry.name[:-4]), 'fasta')
            print("Converted %i records" % count)

答案2

您可以按照以下程式碼操作：

import os 
from Bio import SeqIO

for filename in os.listdir('.'):
  if filename.endswith(".gbk"):
    count = SeqIO.convert(filename, “genbank”, "{}.fasta".format(entry.name[:-4]), “fasta”)
    print("Converted %i records" % count)

BR，
沙哈爾

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