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如何使用 awk 提取整個字串？

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如何使用 awk 提取整個字串？

嗨，我有一些目錄，如下所示：

TBS890
  |___________ A.ctab
TBS345A
  |___________ A.ctab
TBS567C
  |___________ A.ctab

我有興趣從所有目錄中存在的 A.ctab 檔案中提取一些資料。假設A.ctab有 12 列。我對第 6 列和第 12 列感興趣。為此，我嘗試執行如下操作，但沒有獲取所有資訊。

awk 'FNR==1 { print substr(FILENAME,1,$NF) >substr(FILENAME,1,$NF)".tmp" } 
     FNR >1 { print $12 > substr(FILENAME,1,$NF)".tmp" } 
     NR==FNR{ print $6  >"first_column.tmp" }' TBS*/A.ctab

正如您在上面的命令中看到的，我使用了$NF這將是FILENAME.我知道這是錯的，所以任何人都可以幫助我。

如果您在上面的範例中看到，有兩個目錄以 an 字母結尾，但有一個目錄不是。我必須付出什麼才能得到這個名字直到最後。

t_id    chr     strand  start   end     t_name  num_exons       length  gene_id gene_name       cov     FPKM
1       1       -       10060   10614   MSTRG.1.1       1       555     MSTRG.1 .       0.000000        0.000000
2       1       +       11140   30023   MSTRG.10.1      12      3981    MSTRG.10        .       2.052715        0.284182
3       1       -       11694   29342   MSTRG.11.1      8       6356    MSTRG.11        .       0.557588        0.077194
4       1       +       11869   14409   ENST00000456328.2       3       1657    MSTRG.10        DDX11L1 0.000000        0.000000
5       1       +       11937   29347   MSTRG.10.3      12      3544    MSTRG.10        .       0.000000        0.000000
6       1       -       11959   30203   MSTRG.11.2      11      4547    MSTRG.11        .       0.369929        0.051214
7       1       +       12010   13670   ENST00000450305.2       6       632     MSTRG.10        DDX11L1 0.000000        0.000000
8       1       +       12108   26994   MSTRG.10.5      10      5569    MSTRG.10        .       0.057091        0.007904
9       1       +       12804   199997  MSTRG.10.6      12      3567    MSTRG.10        .       0.000000        0.000000
10      1       +       13010   31097   MSTRG.10.7      12      4375    MSTRG.10        .       0.000000        0.000000
11      1       -       13068   26832   MSTRG.11.3      9       5457    MSTRG.11        .       0.995280        0.137788

A.ctab我只想從所有文件中提取t_name並列FPKM並創建一個新文件。在新文件中，該FPKM列應該是樣本名稱。它應該如下所示：

t_name              TBS890          TBS345A              TBS567C
MSTRG.1.1              0            0.028181                 0
MSTRG.10.1         0.284182         0.002072             0.046302
MSTRG.11.1         0.077194         0.685535             0.105849
ENST00000456328.2      0            0.307315             0.038961
MSTRG.10.3             0            0.446015             0.009946
MSTRG.11.2         0.051214         0.053577             0.036081
ENST00000450305.2      0            0.110438             0.040319
MSTRG.10.5         0.007904             0                1.430825
MSTRG.10.6             0                0                0.221105
MSTRG.10.7             0            0.199354                 0
MSTRG.11.3         0.137788         0.004792                 0

答案1

如果所有檔案都有相同的t_name行數，請嘗試

$ awk '
FNR == NR       {print $6 > "COL1.TMP"
                }

FNR == 1        {FN = FILENAME
                 sub (/\/[^\/]*$/, ".TMP", FN)
                 print FN  > FN
                 next
                }

                {print $12 > FN
                }
' TBS*/A.ctab
$ paste -d"\t\t\t\n" COL1.TMP TBS*.TMP

如果不是這種情況，我join就會想到實用程式；但它需要排序的輸入。

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