
我有一個這樣的文件:
head cleandata.map
1 1:775852:T:C 0 775852
1 1:1120590:A:C 0 1120590
1 1:1145994:T:C 0 1145994
1 1:1148494:A:G 0 1148494
...
還有另一個文件:
head lifted.map
1 1:775852:T:C 0.0 785989
1 1:1120590:A:C 0.0 1130727
1 1:1145994:T:C 0.0 1156131
1 1:1148494:A:G 0.0 1158631
...
我想要得到的是更改 cleandata.map ,它看起來像這樣:
1 1:785989:T:C 0 785989
1 1:1130727:A:C 0 1130727
1 1:1156131:T:C 0 1156131
1 1:1158631:A:G 0 1158631
...
因此,如果lift.map 第2 列中的行與cleandata.map 第2 列中的行匹配,請將cleandata.map 第2 列和第4 列中的行替換為lift.map 中第4 列的值。
答案1
嘗試
$ awk 'FNR==NR {T[$2] = $4; next} $2 in T {gsub ($4, T[$2])} 1' file2 file1
1 1:785989:T:C 0 785989
1 1:1130727:A:C 0 1130727
1 1:1156131:T:C 0 1156131
1 1:1158631:A:G 0 1158631