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如何用標準輸入的輸入取代部分檔名？

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如何用標準輸入的輸入取代部分檔名？

假設我有一個ids.txt包含多個條目的文件，例如

foo
bar
bam
...

例如。我想使用它作為輸入來對文件名中包含 ids 的某些文件運行命令，例如foo_1.gz, foo_2.gz, bar_1.gz, bar_2.gz, ... 等等。

我嘗試引用輸入，{}因為我看到它與另一個命令一起使用，如下所示：

cat ids.txt | xargs my.command --input1 {}_1.gz --input2 {}_2.gz

但它總是給我這個錯誤：

{}_1.gz no such file or directory

有什麼方法可以將輸入cat視為字串並自動將它們插入輸入檔案名稱嗎my.command？

問題還在於my.command每次都需要兩個輸入文件，所以我不能只使用帶有真實文件名的列表而不是ids.txt.

答案1

您需要使用-I此處的選項：

$ cat ids.txt | xargs -I{} echo my.command --input1 {}_1.gz --input2 {}_2.gz 
my.command --input1 foo_1.gz --input2 foo_2.gz
my.command --input1 bar_1.gz --input2 bar_2.gz
my.command --input1 bam_1.gz --input2 bam_2.gz

或者，使用 shell 循環：

while read id; do 
    my.command --input1 "${id}"_1.gz --input2 "${id}"_2.gz
done < ids.txt

這是假設您的 ID 沒有空格或反斜線。如果可以的話，請改用這個：

while IFS= read -r id; do 
    my.command --input1 "${id}"_1.gz --input2 "${id}"_2.gz
done < ids.txt

最後，您還可以使用每行包含兩個檔案名稱的清單：

$ cat ids.txt
foo_1.gz foo_2.gz
bar_1.gz bar_2.gz
bam_1.gz bam_2.gz

現在：

while read file1 file2; do
    my.command --input1 "$file1" --input2 "$file2"
done < ids.txt

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