直接遞歸shell腳本輸出到每個子目錄，而不是父目錄

Question

我正在遞歸地處理一批受試者數據，並呼叫父目錄中的腳本。

例如，我有父目錄：

/home/subjects

以及包含資料的子目錄：

/home/subjects/0393
/home/subjects/0389
/home/subjects/9920 (Around 250 subjects)

每個子目錄中的每個檔案都有檔案副檔名“.nii”。我編寫了一個程式碼，它從神經科學程式中呼叫許多命令，搜尋特定的檔案副檔名作為輸入。第一個指令「fslroi」的輸入是.nii 檔案（$file），而該指令的輸出檔是「rawdata.nii」。正如您所看到的，一個命令的輸出是下一個命令的輸入等

for file in $(find ./ -name "*.nii")
do
fslroi $file rawdata.nii 0 33
gunzip rawdata.nii.gz -f
fslroi rawdata.nii rawnodif 0 1
bet rawnodif rawnodif_brain -m -g 0.2 -f 0.3
fslmaths rawnodif -mas rawnodif_brain_mask rawnodif_brain
gunzip rawnodif_brain_mask.nii.gz -f
done

但是，此程式碼是不夠的，因為我無法將輸出儲存到特定的子目錄中。因此，當我正在處理幾個主題時，程式碼將無法運作，因為所有內容都儲存到父目錄中。

有人可以給我任何提示，告訴我如何修改程式碼以根據輸入“.nii”檔案保存輸出嗎？

Answer 1

您想要用來dirname $file取得輸入檔案的目錄名稱並將其新增至輸出檔案名稱之前。

for file in $(find ./ -name "*.nii")
do
rawdata = $(dirname $file)/rawdata.nii
fslroi $file $rawdata 0 33
gunzip $rawdata.gz -f
fslroi $rawdata rawnodif 0 1
bet rawnodif rawnodif_brain -m -g 0.2 -f 0.3
fslmaths rawnodif -mas rawnodif_brain_mask rawnodif_brain
gunzip rawnodif_brain_mask.nii.gz -f
done

目前尚不清楚哪些是rawdata實際的命令參數，或者是否全部都是檔案名稱。rawnodif_brain_mask您可能需要以相同的方式適應。

Answer 2

謝謝，這是最終的腳本。請注意，$ 表示檔名，而其餘部分是命令或參數。

#!/bin/bash

for file in $(find ./ -name "*.nii")
do
rawdata=$(dirname $file)/rawdata.nii.gz
rawnodif=$(dirname $file)/rawnodif.nii.gz
rawnodif_brain=$(dirname $file)/rawnodif_brain.nii.gz
rawnodif_brain_mask=$(dirname $file)/rawnodif_brain.nii.gz
fslroi $file $rawdata 0 33
fslroi $rawdata $rawnodif 0 1
gunzip $rawdata -f
bet $rawnodif $rawnodif_brain -m -g 0.2 -f 0.3
fslmaths $rawnodif -mas $rawnodif_brain_mask $rawnodif_brain
gunzip $rawnodif_brain_mask -f
done