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根據字串過濾文件

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根據字串過濾文件

我有一個看起來像這樣的文件

a   0   gene1   56  0   6S32M12S    *
b   256 gene2   56  0   6S32M12S    *
c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *
g   0   gene7   38  1   6S44M   *
h   256 gene8   38  1   6S44M   *
I   256 gene9   38  1   6S44M   *
j   256 gene10  40  1   8S42M   *

第六列是我要過濾的字串。基本上，如果字串包含等於或大於 16S（例如 16S、17S、18S、19S 等）的符合項，則報告這些行。我怎樣才能做到這一點？上述範例的輸出將是：

c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *

我剛剛向您展示了一個大文件中的一個小片段。

答案1

perl -ane 'print if grep {$_ >= 16} ($F[5] =~ /(\d+)S/g)' file

輸出

c   256 gene3   55  0   6S27M17S    *
d   16  gene4   110 9   19S25M6S    *
e   272 gene5   141 9   23S21M6S    *
f   272 gene6   139 9   24S20M6S    *

這會找到第 6 個欄位中後面跟著「S」的所有數字。如果有任何大於或等於 16，則會列印該行。

尋找-n在perldoc perlrun

查看 perl 對單行程式碼所做的事情的一種很酷的方法是添加選項-MO=Deparse

$ perl -MO=Deparse -ane 'print if grep {$_ >= 16} ($F[5] =~ /(\d+)S/g)'
LINE: while (defined($_ = <ARGV>)) {
    our(@F) = split(' ', $_, 0);
    print $_ if grep {$_ >= 16;} $F[5] =~ /(\d+)S/g;
}
-e syntax OK

看
http://perldoc.perl.org/B/Deparse.html
http://perldoc.perl.org/O.html

我將透過將一行展開為腳本來進行解釋：

#!/usr/bin/env perl
my $filename = shift @ARGV;
open my $fh, '<', $filename or die $!;
while (defined($_ = <$fh>)) {
    my @F = split(' ', $_, 0);
    my @s_numbers = $F[5] =~ /(\d+)S/g;
    if (grep {$_ >= 16;} @s_numbers) {
        print $_;
    }
}
close $fh;

答案2

假設第二個S也很重要：

awk '{
split ($6, nums, /S([0-9]+M)?/); 
for (i in nums) 
  if (nums[i] > 16) 
    { print; next }
}' test.txt

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