☰

grep 在多個檔案上出現問題且無法獲得所需的輸出

tag-icon • tag-icon linux grep head header-file more
grep 在多個檔案上出現問題且無法獲得所需的輸出

我在文件上使用以下命令來根據 chr#（不同的染色體編號）提取幾行。這只是正在處理的一個文件。我有8 個這樣的文件，對於每個文件，我必須對chr 執行此操作（1 到22，然後是chrX 和chrY），我沒有使用任何循環，我單獨執行此操作，但如果您看到我希望標頭完好無損我的每一個輸出。如果我單獨執行，我會在輸出中得到標頭，但如果正在運行，但如果我一起運行所有8 個檔案的腳本（就像腳本中一個接一個的8*24 命令），則輸出沒有任何標頭。你能告訴我為什麼會發生這種情況嗎？

#!/bin/sh
#
#$ -N DOC_gatk_chr
#$ -cwd
#$ -e err_DOC_gatk_chr.txt
#$ -o out_DOC_gatk_chr.txt
#$ -S /bin/sh
#$ -M [email protected]
#$ -m bea
#$ -l h_vmem=25G

more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr1" > S_313_IPS_S7995.chr1.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr2" > S_313_IPS_S7995.chr2.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr3" > S_313_IPS_S7995.chr3.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr4" > S_313_IPS_S7995.chr4.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr5" > S_313_IPS_S7995.chr5.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr6" > S_313_IPS_S7995.chr6.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr7" > S_313_IPS_S7995.chr7.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr8" > S_313_IPS_S7995.chr8.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr9" > S_313_IPS_S7995.chr9.coverage

我正在使用 qsub 將其作為作業運行，因此腳本的結構如下所示。如果我單獨執行命令，它會起作用，但如果我像這樣運行它們，標題不會列印在輸出檔案中，即“;”似乎不被認可。我嘗試使用 qsub filename.sh 和 sh filename.sh 來運行它。我發現使用 sh filename.sh 標題會列印在控制台中。所以肯定是';'之前的命令文件中未寫入分號。我怎樣才能擺脫這個問題。

期望的輸出：

Target  total_coverage  average_coverage    IPS_S7995_total_cvg IPS_S7995_mean_cvg  IPS_S7995_granular_Q1   IPS_S7995_granular_median   IPS_S7995_granular_Q3   IPS_S7995_%_above_15
chr2:41460-41683    14271   63.71   14271   63.71   56  67  79  100.0
chr2:45338-46352    123888  122.06  123888  122.06  79  123 147 94.6
chr2:218731-218983  11653   46.06   11653   46.06   36  50  55  100.0
chr2:224825-225012  12319   65.53   12319   65.53   57  68  76  100.0
chr2:229912-230090  20983   117.22  20983   117.22  93  120 147 100.0
chr2:230947-231137  22386   117.20  22386   117.20  100 120 139 100.0
chr2:233074-233258  11710   63.30   11710   63.30   54  66  73  100.0
chr2:234086-234300  22952   106.75  22952   106.75  91  113 126 100.0
chr2:242747-242922  20496   116.45  20496   116.45  93  124 142 100.0
chr2:243469-243671  27074   133.37  27074   133.37  126 138 148 100.0

但我得到的輸出低於沒有標題的情況

chr2:41460-41683    14271   63.71   14271   63.71   56  67  79  100.0
chr2:45338-46352    123888  122.06  123888  122.06  79  123 147 94.6
chr2:218731-218983  11653   46.06   11653   46.06   36  50  55  100.0
chr2:224825-225012  12319   65.53   12319   65.53   57  68  76  100.0
chr2:229912-230090  20983   117.22  20983   117.22  93  120 147 100.0
chr2:230947-231137  22386   117.20  22386   117.20  100 120 139 100.0
chr2:233074-233258  11710   63.30   11710   63.30   54  66  73  100.0
chr2:234086-234300  22952   106.75  22952   106.75  91  113 126 100.0
chr2:242747-242922  20496   116.45  20496   116.45  93  124 142 100.0
chr2:243469-243671  27074   133.37  27074   133.37  126 138 148 100.0

答案1

你需要這樣的東西：

{ head -n1 S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; 
  grep "chr1" S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; } >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage

或者

awk 'NR==1 || /chr1/' S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage

問題是重定向僅影響一個命令。為了獲得重定向中head和的輸出，必須將它們分組。grep但awk這裡可能是更好的選擇。

相關內容