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使用 awk 根據序列長度對 fastq 檔案進行子集化

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使用 awk 根據序列長度對 fastq 檔案進行子集化

我有一個 fastq 檔。我會解釋它是什麼。是這樣的

@SRR1024120.7 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1386:1189 length=100
GATACAGGATGCCTGGGTCTAGGCTGTGTGACCTTGGGCCAGTTCCTCTC
+SRR1024120.7 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1386:1189 length=100
DDDFFDDBGFEHEHGIGC9F>HG9EH8?DF4?:DF<?3:D?DHIGGDDFH
@SRR1024120.25 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1752:1149 length=100
CTGCTGCTCATGCTCAT
+SRR1024120.25 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1752:1149 length=100
BDDDDD<<CC:C+AFFE
@SRR1024120.42 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:2482:1096 length=100
AGCGTGTGCCACCCTACGCCGGC
+SRR1024120.42 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:2482:1096 length=100
DD>DAA@AA@@?2C8AB)?@:DD
@SRR1024120.1 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1200:1120 length=100
AGACAGAAGGGGAGTACAGCTCTCTGGAACATGAGAGTGCAAGGGGTTGAGTGTTT
+SRR1024120.1 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1200:1120 length=100
DDDFFFCFGEHI@CGFADFGCCFFGHFGCFFFHGGDGHIFHDFGGI<BF=DHIHHH

現在4行對應1個讀所以

@SRR1024120.7 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1386:1189 length=100
GATACAGGATGCCTGGGTCTAGGCTGTGTGACCTTGGGCCAGTTCCTCTC
+SRR1024120.7 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1386:1189 length=100
DDDFFDDBGFEHEHGIGC9F>HG9EH8?DF4?:DF<?3:D?DHIGGDDFH

對應 1 個讀取，即GATACAGGATGCCTGGGTCTAGGCTGTGTGACCTTGGGCCAGTTCCTCTC

我向您展示了上面的 fastq 檔案。我想要做的是我只想提取那些讀取序列長度<= 25的讀取，所以我的輸出應該是

@SRR1024120.25 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1752:1149 length=100
CTGCTGCTCATGCTCAT
+SRR1024120.25 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1752:1149 length=100
BDDDDD<<CC:C+AFFE
@SRR1024120.42 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:2482:1096 length=100
AGCGTGTGCCACCCTACGCCGGC
+SRR1024120.42 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:2482:1096 length=100
DD>DAA@AA@@?2C8AB)?@:DD

我想使用 awk 來達到這個目的。

我嘗試過這樣的事情

awk 'NR % 2 == 0 {if(length($1) <= 25) print $0}; NR % 2 == 1' test.fastq

但這會印出這樣的東西

@SRR1024120.7 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1386:1189 length=100
+SRR1024120.7 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1386:1189 length=100
@SRR1024120.25 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1752:1149 length=100
CTGCTGCTCATGCTCAT
+SRR1024120.25 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1752:1149 length=100
BDDDDD<<CC:C+AFFE
@SRR1024120.42 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:2482:1096 length=100
AGCGTGTGCCACCCTACGCCGGC
+SRR1024120.42 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:2482:1096 length=100
DD>DAA@AA@@?2C8AB)?@:DD
@SRR1024120.1 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1200:1120 length=100
+SRR1024120.1 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1200:1120 length=100

顯然我不想

@SRR1024120.7 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1386:1189 length=100
+SRR1024120.7 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1386:1189 length=100
@SRR1024120.1 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1200:1120 length=100
+SRR1024120.1 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1200:1120 length=100

在我的輸出中。

任何幫助，將不勝感激

謝謝

答案1

您可以使用記錄和欄位分隔符號來阻止 awk 使用換行符號和空格。相反，您可以使用“\n@”來顯示記錄分隔，並使用普通的“\n”來分隔欄位。

$ awk 'BEGIN {RS="\n@";FS="\n"} {if (length($2) <= 25) {print "@"$0} }' fastq
@SRR1024120.25 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1752:1149 length=100
CTGCTGCTCATGCTCAT
+SRR1024120.25 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:1752:1149 length=100
BDDDDD<<CC:C+AFFE
@SRR1024120.42 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:2482:1096 length=100
AGCGTGTGCCACCCTACGCCGGC
+SRR1024120.42 DBRHHJN1:259:D0PM7ACXX:1:1101:2482:1096 length=100
DD>DAA@AA@@?2C8AB)?@:DD

每行都是不同的字段，因此您可以使用 $2 檢查第二行的長度。我必須在列印時添加“@”，因為它會被記錄分隔符號吃掉。

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