使用床具將床多次轉換為床

Question

我有十個 .bam 文件（生物資訊格式），我想將其轉換為 10 個 .bed 文件，但對於此轉換，我需要使用特殊命令

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

Answer 1

你的問題不是很清楚，但也許這個 shell 指令有幫助。

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

Answer 2

你可以這樣做：

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam