對於科學應用程序,我需要使用特定版本的 Python 套件numpy
、scipy
和brian2
。我已在筆記型電腦上安裝了正確的版本並運行其測試套件,如下所示:
>>> import numpy as np
>>> import scipy
>>> import brian2
>>> np.test()
>>> scipy.test()
>>> brian2.test()
所有測試均通過。
現在我想在我實驗室的計算集群上做同樣的事情。我再次安裝了所有正確的版本。然而,在這個新環境中,只有numpy
和brian2
測試通過。對於scipy
,單一測試失敗:
======================================================================
FAIL: test_decomp_update.TestQRdelete_f.test_delete_last_p_col
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last): File
"/usr/local/anaconda/lib/python2.7/site-packages/nose/case.py", line
197, in runTest
self.test(*self.arg) File "/home/despo/dbliss/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py",
line 328, in test_delete_last_p_col
assert_unitary(q1) File "/home/despo/dbliss/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py",
line 21, in assert_unitary
assert_allclose(aTa, np.eye(a.shape[1]), rtol=rtol, atol=atol) File
"/home/despo/dbliss/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 1297, in assert_allclose
verbose=verbose, header=header) File "/home/despo/dbliss/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 665, in assert_array_compare
raise AssertionError(msg) AssertionError: Not equal to tolerance rtol=0.0001, atol=2.38419e-07
(mismatch 100.0%) x: array([[ 9.999999e-01, 1.746230e-08,
-1.490116e-08, 1.490116e-08,
-6.146729e-08, -6.332994e-08, 3.352761e-08, 7.450581e-08,
3.352761e-08, 2.142042e-08, -4.097819e-08, 4.656613e-08],... y: array([[ 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],...
----------------------------------------------------------------------
Ran 18599 tests in 253.381s
FAILED (KNOWNFAIL=97, SKIP=1165, failures=1)
看起來,我的計算叢集和我的筆記型電腦之間唯一相關的區別是它們運行的 Python 版本。我的筆記型電腦版本為 2.7.6,而叢集版本為 2.7.10。
我的問題是,如何在叢集本機(即我的帳戶本機)安裝版本 2.7.6,然後在開啟 IPython 時使用該版本?
答案1
直接回答您的問題:使用 virtualenv,如下所述:https://stackoverflow.com/questions/5506110/is-it-possible-to-install-another-version-of-python-to-virtualenv
然而,你的結論可能是不正確的,因為 numpy、scipy 和 brian2 依賴於系統的許多其他部分,而不僅僅是 python 的版本,而且這些部分也可能不同。
您應該做的是使用 anaconda python 發行版附帶的 numpy 和 scipy,因為它們可能已經過測試。 brian2 不包括在內。你必須自己測試一下。