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bash 腳本 - “Rscript：找不到指令”錯誤

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bash 腳本 - “Rscript：找不到指令”錯誤

我嘗試在 Linux 中運行以下 bash 腳本，但收到一條錯誤訊息line 31: Rscript: command not found：如果我哪裡錯了，你能給我建議嗎？

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N garunsmodel
#PBS -l mem=10g
#PBS -l walltime=02:00:00
#PBS -A improvingherds
#PBS -m ae


nodeDir=`mktemp -d /tmp/phuong.XXXXX`

cp -r /group/dairy/phuongho/garuns $nodeDir

cd $nodeDir

cd garuns
module load gcc vle // this is to load vle platform
rm -rf out
mkdir out

#In garuns.vpz. The output file path has to be changed.
#to an absolute path that's available on the node the script is running.

XXX=`pwd`
sed -i "s|/group/dairy/phuongho/garuns/out|$XXX/out/|" exp/garuns.vpz
Rscript  R/repetability.R

DATE=`date +%Y%m%d-%H%M%S`
mkdir "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"

cp -r out  "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"

當我嘗試手動訪問然後tmp/phuong.XXXXX/garuns運行 R 時，它工作得很好。

答案1

如果 R 已經安裝，PATH變數可能會選擇錯誤RScript？檢查與which RScript

在這種情況下嘗試 export PATH=/path/to/alternate/r/bin:$PATH 或嘗試透過在引用時給出絕對路徑來進行暴力破解RScript，例如 ~/R-3.2.5_patched/bin/RScript/R/repetability.R

答案2

你需要安裝R

以 Ubuntu 為例：

sudo apt-get install r-base-core

然後該Rscript命令將在命令列中被識別。

我這樣做了，它起作用了，但請注意，安裝非常龐大，安裝了數百個依賴項。安裝花了幾分鐘。

答案3

這看起來像是透過 SLURM 之類的工具提交到計算叢集的腳本。您應該與系統管理員聯繫，詢問叢集上是否安裝了 R，如果安裝了，如何在腳本中啟用對它的存取。

在我有權訪問的叢集上，某些軟體需要使用module load somesoftware/version命令加載，該命令會更新/設定運行軟體所需的環境變數。

答案4

我收到了相同的錯誤訊息，但原因不同。將其發佈在這裡，因為人們也會像我一樣登陸這裡。

檢查您的第一行是#!/bin/bash（這不是您的問題）而不是#!/bin/sh，否則某些命令將module load <>無法運行。

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