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從檔案名稱中刪除某些單字

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從檔案名稱中刪除某些單字

我有一組文件，當在我的軟體中處理時，它們會以不同的名稱出現（表示它成功完成了該過程）。

例如，輸入檔案可能會讀取 SAM111_tsta.fastq，然後輸出為 SAM111_tstaAligned.SortbyCoord.bam。

我想知道，是否有一種方法（透過命令列）遞歸地篩選目錄並找到所有具有“Aligned.SortbyCoord.bam”並且僅刪除“Aligned.SortbyCoord”的文件，以便我最終得到“SAM111_tsta” .bam？

答案1

如果您發現類似這。您應該能夠執行以下操作：

find dir -name '*_tstaAligned.SortbyCoord.bam' -exec bash -c 'mv "$0" "${0/_tstaAligned.SortbyCoord.bam/_tsta.bam}"' "{}" \;

儘管使用了 bash ${var//find_all/substitute_with_this}，但您只會匹配以 結尾的文件，_tstaAligned.SortbyCoord.bam因為這是給find.但是_tstaAligned.SortbyCoord.bam，如果任何檔案有多個，您將替換名稱中出現的所有。 （我猜不太可能。）

為了進行測試，請執行以下操作：

find dir -name '*tstaAligned.SortbyCoord.bam' -exec bash -c 'printf "mv \"%s\" \"%s\"\n" "$0" "${0/_tstaAligned.SortbyCoord.bam/_tsta.bam}"' "{}" \;

答案2

有重命名指令，

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' -exec rename Aligned.SortbyCoord '' + \;

事實證明是在實用程式Linux所以你必須安裝它，該軟體包中有一些不錯的東西。

或者你可以用以下命令修復一個簡單的列表

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' \
| sed -E 's/(.*)Aligned.*/mv "&" "\1.bam"/e'

如果你的 sed 夠新，或者

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' \
| sed -E 's/(.*)Aligned.*/mv "&" "\1.bam"/' \
| sh -x

如果不是，或者你可以建立一個快速 shell 函數來完成它，

doit () { while read; do mv "$REPLY" "${REPLY%Aligned*}.bam"; done; }
find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' | doit

或作為單線

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' | while read f; do mv "$f" "${f%A*}.bam"; done

答案3

在您懷疑存在不需要的檔案的目錄中執行以下命令：

尋找 。 -我的名字 ”對齊.SortbyCoord.bam" | xargs rm -f

我建議先執行 find 命令來驗證作為輸出的所需文件，然後使用 xargs rm -f 刪除它們。

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