Ich versuche, ein Paket zu installieren, das „bzlib.h“ enthält, damit ich die Software „AmberTools14“/„Amber14“ in meinem Home-Verzeichnis auf einem Remote-Server installieren kann. Da ich jedoch keinen Root-Zugriff habe, kann ich den Befehl nicht verwenden, yum install bzip2-devel-1.0.5-7.el6_0.x86_64um dieses Paket zu installieren. Wie kann ich dieses Paket am einfachsten installieren und darauf zugreifen, wenn ich versuche, Amber14 mit Intel-Compilern zu kompilieren/installieren?
Ich bin nicht sehr vertraut mit dem Kompilieren von Software oder dem allgemeinen Zweck von Paketen. Daher bin ich mir nicht sicher, ob es möglich oder sinnvoll ist, die RPM-Datei einfach von diesem Link herunterzuladen (https://centos.pkgs.org/6/centos-x86_64/bzip2-devel-1.0.5-7.el6_0.x86_64.rpm.html) und dann könnte ich es mithilfe des WinSCP-Programms unter Windows in mein Home-Verzeichnis auf dem Remote-Server übertragen, die RPM-Datei irgendwie installieren, sodass die Datei „bzlib.h“ installiert wird, und dann beim Kompilieren/Installieren von Amber14 den Pfad angeben, unter dem bzlib.h in meinem Home-Verzeichnis installiert wurde, damit es gefunden werden kann? Macht das überhaupt Sinn? Und wenn ja, wie würde ich die RPM-Datei installieren, nachdem ich sie mit WinSCP auf den Remote-Server verschoben habe?
Ich habe einige Befehle ausgeführt, um Informationen über das System herauszufinden, falls das hilfreich ist?
Befehl: uname -s
Ausgabe: Linux
Befehl: uname -r
Ausgabe: 2.6.32-696.23.1.el6.centos.plus.x86_64
Befehl: uname -v
Ausgabe: #1 SMP Mi 14. März 2018 11:51:06 UTC
Befehl: uname -m
Ausgabe: x86_64
Befehl: uname -p
Ausgabe: x86_64
Befehl: uname -i
Ausgabe: x86_64
Befehl: uname -o
Ausgabe: GNU/Linux
Befehl: gcc --version
Ausgabe: gcc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18) Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc. Dies ist kostenlose Software; die Kopierbedingungen finden Sie in der Quelle. Es besteht KEINE Garantie; auch nicht für die MARKTGÄNGIGKEIT oder EIGNUNG FÜR EINEN BESTIMMTEN ZWECK.
Befehl: icc --version
Ausgabe: icc (ICC) 16.0.2 20160204 Copyright (C) 1985-2016 Intel Corporation. Alle Rechte vorbehalten.
Der Grund, warum ich versuchen möchte, das Paket "bzlib.h" zu installieren, ist, dass ich versucht habe, AmberTools14/Amber14 gemäß den Anweisungen unter diesem Link zu installieren (http://jswails.wikidot.com/installing-amber14-and-ambertools14), außer dass ich den Befehl ./configure intelanstelle von verwendet habe ./configure gnu, aber den folgenden Fehler erhalten habe:
Suche nach libbz2: testp.c(2): schwerwiegender Fehler:
Quelldatei „bzlib.h“ kann nicht geöffnet werden.
#include „bzlib.h“
^
Kompilierung für testp.c abgebrochen (Code 4)
./configure2: Zeile 2079: ./testp: Keine solche Datei oder kein solches Verzeichnis
gefunden.
Ich denke also, dass es bei meiner Installation der Amber14-Software letztendlich zu Problemen kam und dass das fehlende bzlib.h möglicherweise ein Grund dafür ist, dass ich Teile der Software nicht verwenden kann.
Da ich glaube, dass ich Centos 6 verwende, finden Sie unter diesem Link Anweisungen für die Pakete, die ich zum Installieren von Amber benötige (http://ambermd.org/Installation.php), habe ich mich gefragt, ob mir jemand einen Rat geben könnte, wie ich die folgenden Anweisungen befolgen kann, um alle diese Pakete ohne Root-Zugriff oder Verwendung von „yum“ zu installieren.
CentOS 6 Die Installation von Amber auf einem CentOS 6 Linux-Knoten ist etwas knifflig, da der standardmäßige GNU-Compiler mittlerweile zu alt ist, um den Quellcode zu kompilieren. Das empfohlene Verfahren besteht darin, eine neuere Version mithilfe der Developer Toolset-Softwaresammlung (devtoolset) zu installieren.
yum -y install tcsh make \ which flex bison patch bc \ libXt-devel libXext-devel \ perl util-linux wget bzip2 \ bzip2-devel zlib-devel
# Update auf einen neueren GCC yum -y install centos-release-scl yum -y install devtoolset-8 Greifen Sie dann in Ihrem Terminal mit folgendem Befehl auf den neueren GNU-Compiler zu:
Quelle /opt/rh/devtoolset-8/enable
Ich habe unter diesem Link einen Kommentar gesehen (https://askubuntu.com/questions/339/wie-kann-ich-ein-paket-ohne-root-zugriff-installieren) über die Installation eines Programms namens „JuJu“ und vielleicht hilft mir das bei der Installation aller Pakete, die ich brauche, aber ich bin sehr verwirrt, wie das funktioniert und wie man es installiert, da ich immer noch nicht wirklich die Bedeutung der Begriffe Kernel/Distribution/Paket/Bibliothek/Compiler/RPM/Abhängigkeiten/Repository/Umgebung verstehe und wie sie genau zusammenhängen, also wäre ich sehr dankbar, wenn mir das jemand erklären könnte!