Un programa (que me permite hacer zoom con mi trackpad) se ejecutó al inicio de mi computadora. Luego lo desactivé a través de Herramientas administrativas > Configuración del sistema > Inicio. Cuando lo volví a habilitar de la misma manera, ya no se ejecutaría al inicio. En la lista era el único programa que usaba %ProgramFiles% en lugar de C:\Program Files\ así que lo cambié en el registro HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run. Entonces empezó correctamente. Sin embargo, fue extraño porque la ruta %ProgramFiles% (cuando puse comillas alrededor de todo) funcionó desde la línea de comando.
También es extraño que aproximadamente la mitad de los programas tengan comillas y la otra mitad no, pero eso no parece impedir que se inicien.