¿Cómo dibujar un Corrin-ring con chemfig?

Question

De la modificación del ejemplo de la porfirina llegué a:

\documentclass[]{article}
\usepackage{chemfig}

\begin{document}
\chemfig{
    a-?[a]=[::+63]*5(
    -N?[b]=(
    -(-[::63]d)=[::-54]*5(
    -N?[c]-(
    =(-[::63]g)-[::-54]*5(
    -N?[d]-(
    -[:180]*5([]
    -N%(-[::-54,1.5]Fe?[b,,dotted]?[c]?[d,,dotted])
    -[,,1]?[a]=-=
    )
    )
    =-=
    )
    )
    -=-
    )
    )
    -=-
    )
}
\end{document}

A continuación se muestra Lo que quiero, girado 90 grados. Tenga en cuenta que mi problema es la longitud del enlace y el ángulo del cuarto anillo. Las pequeñas diferencias como NH o dobles enlaces debería poder cambiarlas yo mismo.

Answer 1

Hagamos esto paso a paso. Dibujémoslo también como en la imagen. Podemos rotarlo más tarde. Teniendo esto en cuenta, solo usaremos ángulos relativos para los enlaces, es decir, usaremos la ::<angle>notación.

Primero debemos decidir dónde debería estar la línea base de la molécula porque esto determina dónde debemos comenzar a codificar la molécula. Digamos que la línea de base debería ser el centro vertical de la molécula. Entonces comenzamos en el medio, en el lado derecho:

\chemfig{-[::120]*5(----N=)}

Agreguemos el siguiente anillo:

\chemfig{-[::120]*5(---(=^-[::48]*5(----N=))-N=)}

Agreguemos el gancho ?donde queremos que se conecte con la parte inferior.

\chemfig{-[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)}

Ahora, para la parte inferior, ya que comenzaremos desde el principio nuevamente, la codificaremos como una rama, es decir, dentro de ():

\chemfig{
  (=_[::-120]*5(-N=---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

El último anillo:

\chemfig{
  (=_[::-120]*5(-N=(-=_[::-48]*5(-[,,,1]NH----))---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

Tenga en cuenta la -[,,,1]NHparte donde usamos la opción "llegada" para el bono antes NHpara que "llegue" en Nlugar de H.

Última pieza: el segundo gancho que se conecta al primer gancho:

\chemfig{
  (=_[::-120]*5(-N=(-=_[::-48]*5(-[,,,1]NH-?---))---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

La rotación de 90 grados es fácil agregando [:90]o [:-90]al comienzo de la molécula. Ambas variaciones necesitan ajustes en el NHgrupo:

• [:90]:-[,,,2]HN-[,,2]
• [:-90]:-[,,,1]NH-[,,1]

El código completo:

\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}

\begin{document}

\chemfig{
  [:90](=_[::-120]*5(-N=(-=_[::-48]*5(-[,,,2]HN-[,,2]?---))---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

\bigskip

\chemfig{
  [:-90](=_[::-120]*5(-N=(-=_[::-48]*5(-[,,,1]NH-[,,1]?---))---))
  -[::120]*5(---(=^-[::48]*5(---?-N=))-N=)
}

\end{document}

---

Siempre podrás ajustar los ángulos u otros detalles más adelante:

\chemfig{
  [:90](=_[::-117]*5(-N=(-=_[::-54]*5(-[,,,2]HN-[,,2]?---))---))
  -[::117]*5(---(=^-[::54]*5(---?-N=))-N=)
}