Como no pude encontrar una solución en línea que solucionara este problema, espero que alguien aquí pueda ayudarme :)
Aquí está mi archivo main.tex:
\documentclass[a4paper,12pt,headsepline]{article}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{mathtools}
\usepackage[a4paper,left=3.125cm, right=3.125cm, top=2.5cm, bottom=3.0cm]{geometry}
\usepackage{filecontents}
\renewcommand{\baselinestretch}{1.3}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{caption}
\usepackage{cite}
\usepackage{float}
\usepackage{subfiles}
\usepackage{xr}
\usepackage[breaklinks=true]{hyperref}
\usepackage{amsmath}
\newtheorem{theorem}{Theorem}[section]
\newtheorem{corollary}{Corollary}[theorem]
\newtheorem{lemma}[theorem]{Lemma}
\externaldocument[X-]{file1}
\externaldocument[G-]{file2}
\begin{document}
\section{abc}
\subfile{file1.tex}
\subfile{file2.tex}
\end{document}
archivo1 se ve así:
%!TeX root = file1.tex
\documentclass[main.tex]{subfiles}
\begin{document}
\subsection{bla}
\begin{theorem}\label{theorem:fix}
blabla
\end{theorem}
\end{document}
En el archivo 2 estoy tratando de hacer una referencia cruzada al teorema de esta manera:
%!TeX root = file2.tex
\documentclass[main.tex]{subfiles}
\begin{document}
... Theorem~\ref{X-theorem:fix} ...
\end{document}
Durante la compilación, recibo esta advertencia.
name{theorem.0.1} has been referenced but does not exist, replaced by a fixed one
lo cual imagino que produce este problema...
Y el resultado en el pdf se ve así
Theorem 0.1
con el hipervínculo apuntando justo a la parte superior del documento. No cambia si estoy compilando main.tex, que produce un archivo grande con todos los subarchivos o solo file2.tex. Lo interesante es, en mi opinión, que de alguna manera sabe que estoy intentando hacer referencia a algo que ya está etiquetado. De lo contrario, en lugar de 0,1, ?? estaría parado allí. Entonces, si escribo \label{theorem:fi}en lugar de \label{theorem:fix}, ?? se escribiría aquí en lugar de 0.1.