SOLUCIÓN: Resulta que era un problema de clase de documento. Al eliminarlo prlsolucioné \documentclass[reprint,aps,prl,superscriptaddress,notitlepage]{revtex4-2}mi problema.
Tengo un problema al poder hacer referencia a figuras/ecuaciones/tablas, etc., pero no a secciones de mi documento complementario. Para el suplemento, quiero agregar un prefijo "S" antes de todo, así que los redefiniré al principio. Sin embargo, esto no parece funcionar para las secciones y no sé por qué. He creado un ejemplo de trabajo mínimo a continuación.
El problema probablemente radica en que las secciones en sí no tienen números; sin embargo, no veo ningún lugar que las desactive explícitamente aquí por algún motivo.
\documentclass[reprint,aps,prl,superscriptaddress,notitlepage]{revtex4-2}
\usepackage{lipsum}
\newcommand\startsupplement{%
\setcounter{table}{0}
\renewcommand{\thetable}{S\arabic{table}}
\setcounter{figure}{0}
\renewcommand{\thefigure}{S\arabic{figure}}
\setcounter{equation}{0}
\renewcommand{\theequation}{S\arabic{equation}}
\setcounter{section}{0}
\renewcommand{\thesection}{S\arabic{section}}
}
\begin{document}
\title{\textbf{\fontfamily{phv}\selectfont
Supplemental Material: \\ My Supplement Name}}
\author{Me}
\affiliation{Department of Physics}
\maketitle
\startsupplement
\section{First Section}
\label{sec:section1}
Referring to Section~\ref{sec:section1} \\
Referring to Section~\ref{sec:section2} \\
\thesection
\begin{equation}
\label{eq:linear}
y = mx + b
\end{equation}
\begin{equation}
\label{eq:exponential}
y = y_0 + e^{ax}
\end{equation}
Referring to Eqn.~\ref{eq:linear} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:exponential} \\
\lipsum[1]
\section{Second Section}
\label{sec:section2}
Referring to Section~\ref{sec:section1} \\
Referring to Section~\ref{sec:section2} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:linear} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:exponential} \\
\lipsum[2]
\end{document}