Tenho algumas imagens em um diretório e só consigo usar o Terminal
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Experimente isto:
gconftool-2 -t str -s /desktop/gnome/background /where/is/your/image/linux_12.jpg
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Não tenho certeza de qual versão do GNOME você está usando. Supondo que você esteja usando uma das versões mais recentes do GNOME, você pode tentar este comando para alterar o plano de fundo:
gsettings set org.gnome.desktop.background picture-uri file:///path/to/your/image.png
Altere o caminho do arquivo e o papel de parede será alterado de acordo.
O GNOME começou a migrar a maioria de suas configurações do gconf para o dconf e, como tal, ooutra respostanão funcionará para versões mais recentes do GNOME.