O controle de origem do VS2013 quebra as referências no pull inicial

O controle de origem do VS2013 quebra as referências no pull inicial

No trabalho, estamos usando o VS2013 Online. Colocamos todas as nossas pastas de projeto no controle de origem (via Team-Explorer e Source Control Explorer). Quando outra pessoa extrai o repositório pela primeira vez (ou para um novo local em seu computador), ele quebra todas as referências a pacotes não nativos (como EntityFramework). Todos os pacotes e suas DLLs estão no Controle de Origem (pasta de pacotes) e os projetos são extraídos como estão.

Para corrigir esse problema, temos que ir um por um para cada referência e fazer um "Update-Package" do NuGet para cada uma. Ele responderá "Nenhuma atualização encontrada", mas corrigirá a referência.

Existe alguma maneira de contornar isso? Eu sinto que isso não deveria estar acontecendo, então o que estamos fazendo de errado?

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