Digamos que o Linux esteja instalado em uma partição limpa. É seguro montar uma partição criptografada e usá-la para dados? Isso não fará com que a chave seja armazenada em algum lugar limpo ou que os registros informem algo sobre o que está na partição criptografada?
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Sim, uma partição criptografada para armazenamento/dados é segura, se você usar um bom programa como dm-crypt/LUKS.
Uma pasta pessoal criptografada também é segura, o uso do eCryptFS foi bem testado e a maioria dos disros pode usá-lo bem.
Não será um segredo total que existem dados criptografados, mas serão dados ilegíveis. Apenas não armazene sua senha em um arquivo não criptografado em qualquer lugar, não esqueça e façaBACKUPS das chaves/cabeçalho/dados.