Por que o XeTeX do MikTeX não consegue encontrar meu arquivo?
Cara, você está aí no mesmo diretório do arquivo, por que não consegue ver?!
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Seu documento está dentro da árvore miktex. miktex não irá pesquisá-lo lá. Os documentos não pertencem às pastas do aplicativo (e a árvore miktex é uma pasta do aplicativo). Coloque-o em uma pasta de documentação. (Adição: Dependendo da localização concreta do documento na árvore texmf o miktex talvez o encontre se você atualizar o FNDB, mas então o próximo problema será que ele não encontra o auxou o toc). –
Veja isso como um recurso de segurança: Imagine que você tenta compilar dentro da binpasta um documento que gera um arquivo chamado MiKTeX209-xetex.dll. Você pode facilmente causar muitos danos com uma compilação dentro de uma árvore texmf, pois uma compilação deve ser capaz de sobrescrever arquivos como, por exemplo, tocou pdf.