Eu tenho um header.texarquivo $TEXMFHOME/tex/latex/e tentei usá-lo \inputem outro .texarquivo em algum outro diretório. Observe que kpsewhiché possível encontrar header.tex, imprimindo seu caminho completo, e também apliquei texhashno meu $TEXMFHOMEdiretório.
No entanto, pdflatexnão parece ser possível localizar o arquivo.
Tentei examinar a documentação para kpathseae pdflatexpara ponteiros. Os pdflatexestados que $TEXINPUTSsão o caminho de pesquisa dos \inputarquivos. E então me anexei $TEXMFHOMEa esse ambiente, que acredito que não deveria ser necessário, mas, infelizmente.
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Não mencionei que estava usando texliveonfly, o que é um erro meu ao fazer minha pergunta. Para executar texliveonfly, preciso sudoinstalar texliveonflypacotes ausentes, assim como você precisaria sudode direitos para instalar pacotes tlmgrse o seu sistema estiver configurado dessa forma.
O problema está no fato de que o ambiente em que a tarefa está quando você a executa sudoé diferente do ambiente do usuário. No caso de estar executando como sudo, $TEXMFHOMEnão aponta para nenhum diretório e, portanto, não foi possível encontrar meus arquivos.
Agora posso configurar um $TEXMFHOMEpara root ou usá $TEXMFLOCAL-lo. Fui com o último e isso resolveu meu problema.