Aqui está o MWE:
\documentclass[12pt]{article}
\usepackage[compatibility=false]{caption}
\usepackage{subcaption}
\begin{document}
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Nunc aliquam,
ex et sollicitudin aliquet, magna elit mattis nunc, sed blandit sapien
mi vel risus. Sed sed efficitur nibh. Lorem ipsum dolor sit amet,
consectetur adipiscing elit.
\begin{figure}%
\subcaptionbox{\label{foo}(a)}{}
\subcaptionbox{(b)}{}
\caption{(a) Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit;
(b) nunc aliquam, ex et sollicitudin aliquet, magna elit mattis nunc.}
\end{figure}
Morbi pretium (fig.~\ref{foo})%
, turpis sit amet tristique luctus,
sapien ipsum feugiat diam, et volutpat erat sapien ac massa. Aliquam
erat volutpat.
\end{document}
Isso compila corretamente com pdflatex(em duas passagens, obviamente) e também com htlatexse eu remover o arquivo \ref. Com o \ref, htlatexpassa bem pela primeira passagem do LaTeX, depois na segunda passagem recebo isto:
! Missing \endcsname inserted.
<to be read again>
\protect
l.20 Morbi pretium (fig.~\ref{foo}
)%
?
Package caption Warning: \label without proper reference on input line 14.
See the caption package documentation for explanation.
LaTeX Warning: Reference `foo' on page 4 undefined on input line 20.
! Extra \endcsname.
\:::HRefTag ...sname cw:)Q\aXrefFile #1\endcsname
\relax \:warning {\string ...
l.20 Morbi pretium (fig.~\ref{foo}
)%
?
Suponho que o problema tenha algo a ver com o catcode de :? Ou talvez não, mas, de qualquer forma, não sei o que fazer a respeito.
A propósito, tentei primeiro usar subfigure, mas descobri que o \captioncomando dentro de uma subfigura não resulta em uma extensão de uma classe distinta na saída HTML, portanto não havia como aplicar CSS às sublegendas.