Erro ao gerar pdflatex a partir da saída do Doxygen

Question

Estou usando o Doxygen para documentar meu programa. O Doxygen cria muitos arquivos tex e estou usando o TeX Live para gerar um arquivo pdf a partir dos arquivos tex.

Já funcionou antes, mas agora, após pequenas alterações no meu código-fonte, há avisos de compilação do látex e ele falha na compilação, embora não haja nenhum problema com a documentação do Doxygen.

Os novos avisos são:

`LaTeX Warning: Label(s) may have changed. Rerun to get cross-references right.

E muitos avisos como:

`LaTeX Warning: Reference `LastPage' on page 60 undefined on input line 170`.

A compilação termina com:

make: *** [refman.pdf] Error 1
 exit code: 2(0 for SUCCESS).loggingLevel: 20. Build will exit.

Tentei repetir algumas vezes e não houve alteração. Alguém pode me ajudar com isso?

editar: Este é meu arquivo tex principal:

\documentclass[oneside]{book}

% Packages required by doxygen
\usepackage{calc}
\usepackage{doxygen}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{makeidx}
\usepackage{multicol}
\usepackage{multirow}
\usepackage{textcomp}
\usepackage[table]{xcolor}

% Font selection
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{mathptmx}
\usepackage[scaled=.90]{helvet}
\usepackage{courier}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{sectsty}
\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}
\allsectionsfont{%
  \fontseries{bc}\selectfont%
  \color{darkgray}%
}
\renewcommand{\DoxyLabelFont}{%
  \fontseries{bc}\selectfont%
  \color{darkgray}%
}

% Page & text layout

\usepackage{geometry}
\geometry{%
  a4paper,%
  top=2.5cm,%
  bottom=3.5cm,%
  left=2.5cm,%
  right=2.5cm,%
  headheight=2.5cm%
}
\tolerance=750
\hfuzz=15pt
\hbadness=750
\setlength{\emergencystretch}{15pt}
\setlength{\parindent}{0cm}
\setlength{\parskip}{0.2cm}
\makeatletter
\renewcommand{\paragraph}{%
  \@startsection{paragraph}{4}{0ex}{-1.0ex}{1.0ex}{%
    \normalfont\normalsize\bfseries\SS@parafont%
  }%
}
\renewcommand{\subparagraph}{%
  \@startsection{subparagraph}{5}{0ex}{-1.0ex}{1.0ex}{%
    \normalfont\normalsize\bfseries\SS@subparafont%
  }%
}
\makeatother

% Headers & footers
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{lastpage}
\pagestyle{fancy}
\lhead{\includegraphics[width=3cm]{doxygen-logo-header.jpg}}
\rhead{Page \thepage  \ of\ \pageref{LastPage}}
\chead{\fancyplain{}{massage}}
\lfoot{\fancyplain{}{massage2}}
\cfoot{\fancyplain{}{massage3}}
\rfoot{\fancyplain{}{massage4}}
\renewcommand{\footrulewidth}{0.4pt}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
  \markboth{#1}{}%
}
\renewcommand{\sectionmark}[1]{%
  \markright{\thesection\ #1}%
}

% Indices & bibliography
\usepackage{natbib}
\usepackage[titles]{tocloft}
\setcounter{tocdepth}{3}
\setcounter{secnumdepth}{5}
\makeindex

% Hyperlinks (required, but should be loaded last)
\usepackage{ifpdf}
\ifpdf
  \usepackage[pdftex,pagebackref=true]{hyperref}
\else
  \usepackage[ps2pdf,pagebackref=true]{hyperref}
\fi
\hypersetup{%
  colorlinks=true,%
  linkcolor=blue,%
  citecolor=blue,%
  unicode%
}

% Custom commands
\newcommand{\clearemptydoublepage}{%
  \newpage{\pagestyle{empty}\cleardoublepage}%
}


%===== C O N T E N T S =====

\begin{document}

% Titlepage & ToC

\pagestyle{empty}
\hypersetup{pageanchor=false}
\pagenumbering{roman}
\begin{titlepage}
\vspace*{7cm}
\begin{center}%
\includegraphics{doxygen-logo-pdf.jpg}\\[1cm]
{\Huge Library Reference }\\
\vspace*{1.5cm}
{\Large COMPANY}\\
{\large VERSION }\\
\vspace*{1cm}
\end{center}
\end{titlepage}
\fancypagestyle{plain}{\fancyhf{}%
  \renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
  \renewcommand{\footrulewidth}{0pt}}
\tableofcontents
\clearemptydoublepage
\pagenumbering{arabic}
\hypersetup{pageanchor=true}
\pagestyle{fancy}

%--- Begin generated contents ---
\chapter{Module Index}
\input{modules}
\chapter{Data Structure Index}
\input{annotated}
\chapter{File Index}
\input{files}
\chapter{Module Documentation}
\input{group}
\chapter{Data Structure Documentation}
\input{struct}
\chapter{File Documentation}
\input{file}

%--- End generated contents ---

% Index
\newpage
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{part}{Index}
\printindex

\end{document}

Parece que o problema está no layout da página e do texto, se eu alterar "bottom=3,5cm,%" para "bottom=2,5cm,%" funciona. Não sei se esse foi o problema ou se é apenas uma maneira de contornar o problema real, estou procurando uma solução de longa data porque meus arquivos de origem mudam com frequência e não quero alterar o arquivo tex todas as vezes .

Ficarei feliz em saber aqui se você encontrar problemas em meu arquivo tex ou tiver uma ideia da causa do meu problema. Obrigado!