Estamos tendo esse problema estranho com nosso servidor Citrix (versão 4.5) (no Windows 2003 r2), onde alguns usuários têm problemas para resolver uma única unidade de rede compartilhada. Usamos um script de logon para mapear todas as unidades compartilhadas. A parte estranha é que de 3 unidades compartilhadas, os usuários podem acessar 2, mas a terceira vai para o servidor antigo (mesmo que o script de logon aponte para o novo servidor). E esses problemas são limitados a alguns usuários. Eu fiz com que eles saíssem e fizessem login novamente sem sucesso. Isso acontece apenas no Citrix.
O servidor de arquivos que está sendo acessado é o Windows 2008 R2. Como eu disse, usamos um script de logon para mapear a unidade de rede. Entendo que posso estar um pouco confuso, terei prazer em reformular a postagem.
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Minha primeira sugestão seria fazer com que cada um dos usuários afetados excluísse todos os seus compartilhamentos (net use /d *) e, em seguida, efetuasse logout e login novamente. Seu script de login pode não estar mapeando unidades que já foram mapeadas para o servidor antigo.
Além disso, adicione algumas instruções de registro/depuração aos seus scripts de login - se você não sabe o que está acontecendo, só podemos adivinhar com base no que você nos conta.