Meu NAS roda Linux e atualmente compartilha diretamente seus diretórios XFS. Como desejo usar criptografia (por exemplo, TrueCrypt ou dm-crypt/LUKS), tenho a liberdade de escolher o sistema de arquivos para o contêiner. Todos os clientes executam o Windows 7, então qual sistema de arquivos devo usar para que o contêiner compartilhado tenha menos problemas de compatibilidade? O fato de, por exemplo, ext3 não armazenar uma data de criação de arquivo parece confundir algumas ferramentas de cliente, mas o uso de NTFS ou Fat32 realmente resolveria isso ou o samba3 está assumindo um sistema de arquivos Linux de qualquer maneira?
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Presumo que você tenha esse contêiner criptografado no NAS e queira compartilhar o FS dentro do contêiner via Samba. Neste caso, use um Linux FS como ext3/4 ou XFS. É isso que o Samba espera e funciona melhor, já que ele nem sabe sobre esse negócio de criptografia.