Estou me perguntando - é melhor usar a pilha LAMP fornecida pela distribuição ou instalá-la sozinho? Quero dizer, posso apenas usar apt-get install apache2 (...)ou é melhor apenas baixar o software e descompactá-lo em seu próprio diretório?
Afinal, a definição de melhor é um assunto difícil. Essa pilha LAMP deve ser colocada como um dos muitos serviços na mesma máquina, aberta ao mundo por algum proxy reverso (nginx?). Posso querer acabar usando duas ou três instâncias diferentes do Apache2 (devo?). Gosto da capacidade de gerenciamento de aplicativos contidos em um diretório simples. Puff, e eles se foram. Também acho que posso facilmente criar um novo usuário e restringi-lo a um e apenas um diretório.
Por outro lado, como novato tenho a sensação de que os gerenciadores de pacotes prepararam tudo de forma mais segura, pensaram em muitos problemas nos quais provavelmente nem consigo pensar. Também é muito mais fácil manter-se atualizado com apenas um comando.
Minha pergunta é: usar pacotes distro-default é o caminho a seguir no meu caso?
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Não quero parecer paternalista, mas, como você afirma, você é um novato e recomendo que um novato mantenha as coisas o mais simples possível e siga os pacotes e recursos da distribuição. Eu pessoalmente recomendo não executar múltiplas instâncias do Apache em um servidor, se você precisar desse tipo de segurança, considere coisas como Xen, Kvm ou mesmo Docker.
Dito isso, trabalho para uma empresa de administração de sistemas e geralmente tentamos permanecer o mais fiéis possível a uma distribuição. Essa é a maneira mais fácil de utilizar as soluções que um mantenedor já forneceu. Mas admito que às vezes encontrar essas soluções pode ser um desafio. O Serverfault pode ajudar com isso!