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(Possivelmente instalando e) usando uma versão específica do Python

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(Possivelmente instalando e) usando uma versão específica do Python

Para uma aplicação científica, preciso usar versões específicas dos pacotes Python numpy, scipye brian2. Instalei as versões corretas em meu laptop e executei seus conjuntos de testes da seguinte maneira:

>>> import numpy as np
>>> import scipy
>>> import brian2
>>> np.test()
>>> scipy.test()
>>> brian2.test()

Todos os testes passam.

Agora gostaria de fazer a mesma coisa no cluster de computação do meu laboratório. Instalei novamente todas as versões corretas. Porém, neste novo ambiente, apenas os testes numpye brian2passam. Para scipy, um único teste falha:

====================================================================== 
FAIL: test_decomp_update.TestQRdelete_f.test_delete_last_p_col
----------------------------------------------------------------------     
Traceback (most recent call last):   File
"/usr/local/anaconda/lib/python2.7/site-packages/nose/case.py", line
197, in runTest
    self.test(*self.arg)   File "/home/despo/dbliss/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py",
line 328, in test_delete_last_p_col
    assert_unitary(q1)   File "/home/despo/dbliss/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_decomp_update.py",
line 21, in assert_unitary
    assert_allclose(aTa, np.eye(a.shape[1]), rtol=rtol, atol=atol)   File
"/home/despo/dbliss/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 1297, in assert_allclose
    verbose=verbose, header=header)   File "/home/despo/dbliss/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 665, in assert_array_compare
    raise AssertionError(msg) AssertionError:  Not equal to tolerance rtol=0.0001, atol=2.38419e-07

(mismatch 100.0%)  x: array([[  9.999999e-01,   1.746230e-08, 
-1.490116e-08,   1.490116e-08,
         -6.146729e-08,  -6.332994e-08,   3.352761e-08,   7.450581e-08,
          3.352761e-08,   2.142042e-08,  -4.097819e-08,   4.656613e-08],...  y: array([[ 1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
       [ 0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
       [ 0.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],...

---------------------------------------------------------------------- 
Ran 18599 tests in 253.381s

FAILED (KNOWNFAIL=97, SKIP=1165, failures=1)

Aparentemente, a única diferença relevante entre meu cluster de computação e meu laptop são as versões do Python que eles executam. Meu laptop possui a versão 2.7.6, enquanto o cluster possui a 2.7.10.

Minha pergunta é: como posso instalar a versão 2.7.6 localmente no cluster (ou seja, localmente na minha conta) e usar essa versão ao abrir o IPython?

Responder1

Resposta direta à sua pergunta: use o virtualenv conforme explicado aqui:https://stackoverflow.com/questions/5506110/is-it-possible-to-install-another-version-of-python-to-virtualenv

No entanto, sua conclusão provavelmente está incorreta porque numpy, scipy e brian2 dependem de muitos outros bits do sistema, não apenas da versão do python, e esses bits provavelmente também são diferentes.

O que você deveria fazer é usar o numpy e o scipy que acompanham a distribuição anaconda python, já que eles provavelmente foram testados. brian2 não está incluído. Você terá que testar isso sozinho.

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