Embora as ferramentas sejam as mesmas, as seções e os nomes das distribuições são notavelmente diferentes entre o Ubuntu e o Debian (e presumivelmente outras distros baseadas no Debian).
Por exemplo, um arquivo debian/control de uma biblioteca Lua para Debian pode usar
Section: contrib/libdevel
enquanto o Ubuntu usaria
Section: universe/interpreters
Qual é a melhor maneira de criar arquivos deb para cada um quando "universo" não existe no Debian e "contrib" não existe no Ubuntu, visto que todas as ferramentas parecem agir em um único diretório de origem/configuração: debian? Como conciliar isso?
Nota: esta questão também se aplica às entradas do changelog.
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Normalmente, quando preciso fazer isso, crio diretórios debian/* separados para cada sistema que estou suportando. Você pode armazená-los de várias maneiras diferentes: talvez um repositório de código-fonte dedicado chamado "empacotamento" que contém os diretórios de cada sistema. Você pode então usar um sistema de construção ou CI (como Jenkins, Travis CI ou similar) para baixar o código-fonte do seu aplicativo, baixar o código do pacote para o sistema para o qual você está construindo o pacote e iniciar o processo de construção.
Uma ferramenta que você pode querer dar uma olhada para ajudar a tornar isso mais fácil éconstrutoro que facilita a construção de um pacote para muitas versões diferentes do Debian ou Ubuntu, fazendo uso dechroots.
Eu também escrevi um passeio porcomo usar o pbuilderque você pode achar útil.