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Fazer:
xprop | grep "CLASS"
e clique na janela que deseja remover da barra de tarefas.
Isso retornará algo como
WM_CLASS(STRING) = "name", "name"
Instalar wmctrl
sudo apt install wmctrl
Faça um script de inicialização do programa ou execute uma vez, dependendo da sua preferência:
wmctrl -x -r name.name -b add,skip_taskbar
Fontes: