Instalei o 11.10 e desativei os efeitos animados do Compiz, mas ativei janelas instáveis. Então, resumindo, as janelas não desbotam/deslizam/etc, mas oscilam.
Não consigo encontrar um padrão, mas parece que enquanto estou trabalhando por algumas horas, as janelas bambas de repente param de tremer sem motivo. Apenas em algumas janelas, lembre-se.
Obviamente não é um comportamento esperado ...
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Acho que há algum programa/script no seu computador alterando o gerenciador de janelas atual. Quando as janelas não tremerem mais, abra um terminal e tente compiz --replace. Se isso funcionar, você terá que descobrir o que está mudando o gerenciador de janelas e evitar que ele seja substituído.