Большая часть дерева исчезает, когда становится слишком большой.

Большая часть дерева исчезает, когда становится слишком большой.

Я пытаюсь нарисовать деревья суффиксов в латексе для отчета. Поскольку я программирую деревья, я просто печатаю их в формате qtree из своего кода, чтобы не заморачиваться с созданием их вручную.

Для небольших деревьев это работает отлично. (Обычный пример «банана» на подходе)

\documentclass{article}
\usepackage{graphics}
\usepackage{qtree}

\begin{document}
    \begin{center}
        \Tree[.  [.\$ ]
        [.banana\$ ]
        [.a [.n [.a [.na\$ ]
        [.\$ ]
        ]  ] [.\$ ]
        ] [.n [.a [.na\$ ]
        [.\$ ]
        ]  ]  ]
    \end{center}
\end{document}

Суффикс дерева для $banana$

Но если я хочу нарисовать дерево побольше, например, «idontknowsomethingbig», я использую тот же процесс:

\documentclass{article}
\usepackage{graphics}
\usepackage{qtree}

\begin{document}
    \begin{center}
        \Tree[.  [.\$idontknowsomethingbig\$ ]
        [.i [.dontknowsomethingbig\$ ]
        [.ngbig\$ ]
        [.g\$ ]
        ] [.dontknowsomethingbig\$ ]
        [.o [.ntknowsomethingbig\$ ]
        [.wsomethingbig\$ ]
        [.methingbig\$ ]
        ] [.n [.tknowsomethingbig\$ ]
        [.owsomethingbig\$ ]
        [.gbig\$ ]
        ] [.t [.knowsomethingbig\$ ]
        [.hingbig\$ ]
        ] [.knowsomethingbig\$ ]
        [.wsomethingbig\$ ]
        [.somethingbig\$ ]
        [.methingbig\$ ]
        [.ethingbig\$ ]
        [.hingbig\$ ]
        [.g [.big\$ ]
        [.\$ ]
        ] [.big\$ ]
        ]
    \end{center}
\end{document}

Все, что я получаю, это

сломанное дерево

В зависимости от входных данных я могу получить последнюю ветвь или просто слово, как в этом случае.

Я предполагаю, что код синтаксически правильный, и проблема в том, что он слишком большой и латекс в нем путается. Но насколько мне известно, это может быть что угодно.

решение1

Проблема, как поясняется в комментариях, заключается в том, чтоqtreeне может обрабатывать более 14 ветвей. Решением было просто использовать лес. С его помощью я теперь могу рисовать более крупные деревья, такие как это:

Большое случайное геномное дерево

Что происходит из:

\documentclass[border=1mm]{standalone}
\usepackage{graphics}
\usepackage{forest}


\begin{document}

        \begin{forest}
            for tree={
                calign=center,
                grow'=east,
                parent anchor=east, child anchor=west,
                text height=1.4ex, text depth=0.2ex 
            }
            [.  [.\$GATTACATAGCTGATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.G [.A [.T [.TACATAGCTGATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.G [.C [.TAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ] [.AGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.CTGS\$ ]
            ]  ] [.C [.T [.GATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.A [.G [.C [.T [.A [.TATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ]  ] [.TCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.T [.ATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GATCTGS\$ ]
            ]  ] [.CGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.G [.CTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.ATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ] [.T [.C [.G [.ATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.TAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ] [.AGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.S\$ ]
            ] [.A [.T [.TACATAGCTGATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.A [.G [.C [.T [.GATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.AGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ]  ] [.TCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.G [.C [.TAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.ATCTGS\$ ]
            ] [.C [.GTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.TGS\$ ]
            ]  ] [.CATAGCTGATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.G [.C [.T [.GATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.A [.T [.ATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GATCTGS\$ ]
            ] [.G [.CTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.TCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ]  ]  ] [.TCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ] [.T [.TACATAGCTGATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.A [.CATAGCTGATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.G [.C [.T [.GATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.A [.T [.ATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GATCTGS\$ ]
            ] [.G [.CTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.TCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ]  ]  ] [.TCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.T [.ATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.CGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GATCTGS\$ ]
            ]  ] [.G [.A [.T [.GCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.CTGS\$ ]
            ]  ] [.C [.TAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.S\$ ]
            ] [.C [.G [.T [.CGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.AGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.ATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.CGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.TGS\$ ]
            ]  ] [.C [.ATAGCTGATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.T [.G [.ATGCTAGCTATATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.S\$ ]
            ] [.A [.G [.C [.T [.A [.TATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ]  ] [.TCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.T [.ATCGTCGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GATCTGS\$ ]
            ]  ] [.CGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.G [.T [.CGATGCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.AGCTATGATCTGS\$ ]
            ] [.A [.T [.GCGCTCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.AGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ] [.C [.TCGCGATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            [.GATAGCTAGCTAGTCGTAGCTATGATCTGS\$ ]
            ]  ]  ] [.S\$ ]
            ] 
        \end{forest}  


\end{document}

Синтаксис в forestотличается от qtreeтак что каждый узел имеет дополнительный символ '.' в этом примере. Помните об этом, если вы используете этот ответ в качестве примера того, как строить деревья с помощью леса :)

Связанный контент