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開始和結束

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開始和結束

我有以下資料塊（多個）

chr1.trna4 (17188416-17188486)  Length: 71 bp
Type: Gly   Anticodon: CCC at 33-35 (17188448-17188450) Score: 78.3
HMM Sc=56.60    Sec struct Sc=21.70
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |
Seq: GCATTGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCTCCCACGCGGGAGaCCCGGGTTCAATTCCCGGCCAATGCA
Str: >>>>>>>..>>>>.......<<<<.>>>>>.......<<<<<....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.

對於每個區塊，我需要在該區塊的最後一行找到以 開頭的第 8 個模式Str。在上述情況下，第8個模式是.......（7個週期）。這是因為第一組>符號構成一個圖案，第二組句點構成第二個圖案，依此類推。

現在我需要從Seq模式行正上方的行中提取這 7 個字元。在範例中，這對應於子序列CTCCCAC。

輸出應該是Seq is CTCCCAC and Anticodon: CCC

bash這在任何 shell中都可能嗎？

資料塊的更多範例

chr19.trna11 (4724719-4724647)  Length: 73 bp
Type: Val   Anticodon: CAC at 34-36 (4724686-4724684)   Score: 79.2
HMM Sc=49.10    Sec struct Sc=30.10
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |  
Seq: GTTTCCGTAGTGTAGCGGTtATCACATTCGCCTCACACGCGAAAGGtCCCCGGTTCGATCCCGGGCGGAAACA
Str: >>>>>>>..>>>..........<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.


chr19.trna12 (1383433-1383361)  Length: 73 bp
Type: Phe   Anticodon: GAA at 34-36 (1383400-1383398)   Score: 88.9
HMM Sc=68.40    Sec struct Sc=20.50
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |  
Seq: GCCGAAATAGCTCAGTTGGGAGAGCGTTAGACTGAAGATCTAAAGGtCCCTGGTTCGATCCCGGGTTTCGGCA
Str: >>>>>>>..>>>>........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.


chr21.trna1 (18827177-18827107) Length: 71 bp
Type: Gly   Anticodon: GCC at 33-35 (18827145-18827143) Score: 80.9
HMM Sc=60.10    Sec struct Sc=20.80
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |
Seq: GCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCTGCCACGCGGGAGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCCATGCA
Str: >>>>>>>..>>>>.......<<<<.>>>>>.......<<<<<....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.



chrX.trna4 (18693101-18693029)  Length: 73 bp
Type: Val   Anticodon: TAC at 34-36 (18693068-18693066) Score: 82.9
HMM Sc=54.70    Sec struct Sc=28.20
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |  
Seq: GGTTCCATAGTGTAGTGGTtATCACGTCTGCTTTACACGCAGAAGGtCCTGGGTTCGAGCCCCAGTGGAACCA
Str: >>>>>>>..>>>..........<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.


chrX.trna6 (3833344-3833271)    Length: 74 bp
Type: Ile   Anticodon: GAT at 35-37 (3833310-3833308)   Score: 75.5
HMM Sc=50.20    Sec struct Sc=25.30
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |   
Seq: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA
Str: >>>>>>>..>>>>.........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.


chrX.trna8 (3794915-3794842)    Length: 74 bp
Type: Ile   Anticodon: GAT at 35-37 (3794881-3794879)   Score: 75.5
HMM Sc=50.20    Sec struct Sc=25.30
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |   
Seq: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA
Str: >>>>>>>..>>>>.........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.



chrX.trna10 (3756491-3756418)   Length: 74 bp
Type: Ile   Anticodon: GAT at 35-37 (3756457-3756455)   Score: 75.5
HMM Sc=50.20    Sec struct Sc=25.30
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |   
Seq: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA
Str: >>>>>>>..>>>>.........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.

chr19.trna8 (45981945-45981859) Length: 87 bp
Type: SeC   Anticodon: TCA at 36-38 (45981910-45981908) Score: 146.9
HMM Sc=0.00 Sec struct Sc=0.00
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    * 
Seq: GCCCGGATGATCCTCAGTGGTCTGGGGTGCAGGCTTCAAACCTGTAGCTGTCTAGCGACAGAGTGGTTCAATTCCACCTTTCGGGCG
Str: >>>>>>>.>..>>>>>>....<<<<<<<<<<<<.......<<<<<<.>>>>>....<<<<<.>>>>.......<<<<<.<<<<<<<.

答案1

使用awk：

$ awk -f script.awk file
Sequence: CTCACAC, Anticodon: CAC, Type: Val
Sequence: CTGAAGA, Anticodon: GAA, Type: Phe
Sequence: CTGCCAC, Anticodon: GCC, Type: Gly
Sequence: TTTACAC, Anticodon: TAC, Type: Val
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTTCAAA, Anticodon: TCA, Type: SeC

script.awk下面的程序在哪裡awk：

/^Type:/ {
        type = $2
        anticodon = $4
        split($6, pos, "-")
}

/^Seq:/ {
        seq = substr($2, pos[1]-2, length(anticodon) + 4)
        # or: seq = substr($2, pos[1]-2, pos[2]-pos[1]+5)
        printf "Sequence: %s, Anticodon: %s, Type: %s\n", seq, anticodon, type
}

第一個區塊由以字串開頭的任何行觸發Type:，它從第二個和第四個空格分隔的欄位中挑選出類型和反密碼子序列，並將第 6 個這樣的欄位拆分-以產生序列中的開始和結束座標。

第二個區塊由以字串開頭的行觸發Seq:，它使用反密碼子的起始位置和從最新行讀取的反密碼子長度從第二個空格分隔的字段中挑選出序列Type:，確保獲得幾個鹼基- 兩側成對。

然後產生輸出。

以下sed腳本使用該行中的第 8 個「模式」Str:來提取所需的序列，而不是該Type:行中給出的反密碼子的數字位置。

/^Type:[[:blank:]]*/ {
        s/.*Type: \([^[:blank:]]*\)[[:blank:]]*Anticodon: \([^[:blank:]]*\).*/ Anticodon: \2, Type: \1/
        h
}

/^Seq:[[:blank:]]*/ {
        s//Sequence: /
        G
        y/\n/,/
        w data.tmp
}

/^Str:[[:blank:]]*/ {
        s///
        s,\(\(\([<>.]\)\3*\)\{7\}\)\(\([<>.]\)\5*\).*,s/: \1\\(\4\\)[^\,]*/: \\1/;n,
        y/<>/../
        w pass2.sed
}

d

（尾隨d不是拼字錯誤）。

它分兩次完成。

在第一遍中，創建了兩個新文件，data.tmp並且pass2.sed.

$ sed -f script.sed file

（這裡沒有終端輸出）

對於給定的數據，data.tmp看起來像

Sequence: GTTTCCGTAGTGTAGCGGTtATCACATTCGCCTCACACGCGAAAGGtCCCCGGTTCGATCCCGGGCGGAAACA, Anticodon: CAC, Type: Val
Sequence: GCCGAAATAGCTCAGTTGGGAGAGCGTTAGACTGAAGATCTAAAGGtCCCTGGTTCGATCCCGGGTTTCGGCA, Anticodon: GAA, Type: Phe
Sequence: GCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCTGCCACGCGGGAGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCCATGCA, Anticodon: GCC, Type: Gly
Sequence: GGTTCCATAGTGTAGTGGTtATCACGTCTGCTTTACACGCAGAAGGtCCTGGGTTCGAGCCCCAGTGGAACCA, Anticodon: TAC, Type: Val
Sequence: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: GCCCGGATGATCCTCAGTGGTCTGGGGTGCAGGCTTCAAACCTGTAGCTGTCTAGCGACAGAGTGGTTCAATTCCACCTTTCGGGCG, Anticodon: TCA, Type: SeC

whilepass2.sed是一個sed對此進行後處理的腳本：

s/: ...............................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ...............................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ..............................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ...............................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ................................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ................................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ................................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: .................................\(.......\)[^,]*/: \1/;n

應用到pass2.sed會給data.sed你最終的結果：

$ sed -f pass2.sed data.tmp
Sequence: CTCACAC, Anticodon: CAC, Type: Val
Sequence: CTGAAGA, Anticodon: GAA, Type: Phe
Sequence: CTGCCAC, Anticodon: GCC, Type: Gly
Sequence: TTTACAC, Anticodon: TAC, Type: Val
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTTCAAA, Anticodon: TCA, Type: SeC

注意：我不確定第二步的執行情況非常大型數據集。

答案2

鑑於我們可以提取起始索引和反密碼子：

len=7
prior=2

while IFS= read  -r line; do
    if [[ $line =~ Anticodon:" "([[:alpha:]]+)" at "([0-9]+) ]]; then
        anticodon=${BASH_REMATCH[1]}
        start=$(( BASH_REMATCH[2] - 1))  # string indexing is zero-based
    elif [[ $line == "Seq: "* ]]; then
        seq=${line#Seq: }
        printf "Seq: %s, Anticodon: %s\n" "${seq:start-prior:len}" "$anticodon"
    fi
done < file

一個更複雜的解決方案，每次解析“Str:”行，但不會將長度硬編碼為 7（它會硬編碼“nth”模式）：

8thSeq() {
    local seq=$1 str=$2
    local last=${str:0:1}
    local nth=8 n=1 start

    for (( i=1; i < ${#str}; i++)); do
        if [[ "${str:i:1}" != "$last" ]]; then
            ((n++))
            if ((n == nth)); then
                start=$i
            elif ((n == nth+1)); then
                echo "${seq:start:i-start}"
                break
            fi
        fi
        last=${str:i:1}
    done
}

while IFS= read  -r line; do
    if [[ $line =~ Anticodon:" "([[:alpha:]]+) ]]; then
        anticodon=${BASH_REMATCH[1]}
    elif [[ $line == "Seq: "* ]]; then
        seq=${line#Seq: }
    elif [[ $line == "Str: "* ]]; then
        str=${line#Str: }
        printf "Seq: %s, Anticodon: %s\n" "$(8thSeq "$seq" "$str")" "$anticodon"
    fi
done < file

使用「更多」數據，兩個解決方案都輸出

Seq: CTCACAC, Anticodon: CAC
Seq: CTGAAGA, Anticodon: GAA
Seq: CTGCCAC, Anticodon: GCC
Seq: TTTACAC, Anticodon: TAC
Seq: CTGATAA, Anticodon: GAT
Seq: CTGATAA, Anticodon: GAT
Seq: CTGATAA, Anticodon: GAT
Seq: CTTCAAA, Anticodon: TCA

答案3

假設您需要解析 Str 字串的重複：

開始和結束

由於每個區塊的模式序列可能會發生變化，因此我們需要一種方法來找到第 8 個模式。

可以提取每個重複的“模式”（從您的描述中任何以字元開頭並以相同字元結束的內容) 使用 (GNU) grep 從 str 中取得：

$ str='>>>>>>>..>>>>.......<<<<.>>>>>.......<<<<<....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.'

$ grep -Eo '(.)\1+' <<<"$str"
>>>>>>>
..
>>>>
.......
<<<<
>>>>>
.......
<<<<<
....
>>>>>
.......
<<<<<<<<<<<<

因此，模式的開始和長度8（使用 shell）是：

pattern=8
splitstr=( $(grep -Eo '(.)\1+' <<<"$str") )
for((i=1;i<=pattern-2;i++)); do
    start=$((start+${#splistr[i]}))
done
len=${splitstr[pattern-1]}

對於任何模式（具有 8 次或更多重複）。

或者，更短地說，開始和結束：

start=$(echo "$str" | grep -Eo '^((.)\2+|.){7}'); start=${#start}
  end=$(echo "$str" | grep -Eo '^((.)\2+|.){8}');   end=${#end}

區塊

在 AWK 中：可以透過設定RS為 empty將檔案分成區塊（由空白行分隔的行） ""。

領域

如果RS是""每個區塊由 awk 自動進一步劃分為欄位。作為最後一個欄位（$NF用 awk 的說法），str 包含重複的字元。

所以，在 awk 中：

$ awk -vRS="" '{str=$NF; pat=8
cmd1="echo \"" str "\" | grep -Eo '\''^((.)\\2+|.){" pat-1 "}'\''";
cmd2="echo \"" str "\" | grep -Eo '\''^((.)\\2+|.){" pat   "}'\''";
cmd1 | getline start ; close(cmd1) ; start=length(start)
cmd2 | getline end   ; close(cmd2) ;   end=length(end)
print "Start:",start,"End:",end,"Sequence:",substr($(NF-2),start,end-start),"Anticodon:",$9,"Type:",$7
}' biopattern.txt


Start: 30 End: 37 Sequence: CCTCCCA Anticodon: CCC Type: Gly
Start: 31 End: 38 Sequence: CCTCACA Anticodon: CAC Type: Val
Start: 31 End: 38 Sequence: ACTGAAG Anticodon: GAA Type: Phe
Start: 30 End: 37 Sequence: CCTGCCA Anticodon: GCC Type: Gly
Start: 31 End: 38 Sequence: CTTTACA Anticodon: TAC Type: Val
Start: 32 End: 39 Sequence: GCTGATA Anticodon: GAT Type: Ile
Start: 32 End: 39 Sequence: GCTGATA Anticodon: GAT Type: Ile
Start: 32 End: 39 Sequence: GCTGATA Anticodon: GAT Type: Ile
Start: 33 End: 40 Sequence: GCTTCAA Anticodon: TCA Type: SeC

根據後面的數字與其他答案的結果不一樣at。

也許：這就是你的意思嗎？

答案4

perl在段落模式下操作-00，將所有段落一一循環-n。首先，我們透過查看目前 para（又稱 ）中的屬性來填入類型、反密碼子、序列和 str 變數$_。

$ perl -n00e '
   my($type, $anticodon, $seq, $str) = 
      / (?= .*\nType:      \h+ (\S+)  )
        (?= .*\hAnticodon: \h+ (\S+)  )
        (?= .*\nSeq:       \h+ (\S+)$ )
        (?= .*\nStr:       \h+ (\S+)$ )
      /xms;
   $str =~ /^((.)\2*){7}((.)\4*)/g;
   my($pos_codon, $len_codon) = (pos($str), length($3));
   my $codon = substr($seq, $pos_codon-$len_codon, $len_codon);
   print "Codon:[$codon] Anticodon:[$anticodon] Type:[$type]\n";
' file

結果：

Codon:[CTCACAC] Anticodon:[CAC] Type:[Val]
Codon:[CTGAAGA] Anticodon:[GAA] Type:[Phe]
Codon:[CTGCCAC] Anticodon:[GCC] Type:[Gly]
Codon:[TTTACAC] Anticodon:[TAC] Type:[Val]
Codon:[CTGATAA] Anticodon:[GAT] Type:[Ile]
Codon:[CTGATAA] Anticodon:[GAT] Type:[Ile]
Codon:[CTGATAA] Anticodon:[GAT] Type:[Ile]
Codon:[CTTCAAA] Anticodon:[TCA] Type:[SeC]

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