解決方案：事實證明這是一個文檔類問題。透過prl從中刪除\documentclass[reprint,aps,prl,superscriptaddress,notitlepage]{revtex4-2}解決了我的問題。
我遇到一個問題，我可以參考圖形/方程式/表格等，但不能參考補充文件中的部分。作為補充，我想在所有內容之前添加“S”前綴，因此我在開頭重新定義了它們。但是，這似乎不適用於這些部分，我不知道為什麼。我在下面創建了一個最小的工作範例。
問題可能在於這些部分本身沒有數字，但是我沒有看到任何地方會出於任何原因在這裡明確關閉它們。
\documentclass[reprint,aps,prl,superscriptaddress,notitlepage]{revtex4-2}
\usepackage{lipsum}
\newcommand\startsupplement{%
\setcounter{table}{0}
\renewcommand{\thetable}{S\arabic{table}}
\setcounter{figure}{0}
\renewcommand{\thefigure}{S\arabic{figure}}
\setcounter{equation}{0}
\renewcommand{\theequation}{S\arabic{equation}}
\setcounter{section}{0}
\renewcommand{\thesection}{S\arabic{section}}
}
\begin{document}
\title{\textbf{\fontfamily{phv}\selectfont
Supplemental Material: \\ My Supplement Name}}
\author{Me}
\affiliation{Department of Physics}
\maketitle
\startsupplement
\section{First Section}
\label{sec:section1}
Referring to Section~\ref{sec:section1} \\
Referring to Section~\ref{sec:section2} \\
\thesection
\begin{equation}
\label{eq:linear}
y = mx + b
\end{equation}
\begin{equation}
\label{eq:exponential}
y = y_0 + e^{ax}
\end{equation}
Referring to Eqn.~\ref{eq:linear} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:exponential} \\
\lipsum[1]
\section{Second Section}
\label{sec:section2}
Referring to Section~\ref{sec:section1} \\
Referring to Section~\ref{sec:section2} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:linear} \\
Referring to Eqn.~\ref{eq:exponential} \\
\lipsum[2]
\end{document}