Ich möchte installierenANARCIauf RHEL 6. Ich habe Python 2.7.7 installiert. Wie Sie auf der Homepage lesen können, erfordert ANARCI Python 2.6+ und HMMER3. Ich habe anarci tar.gz heruntergeladen und dann entpackt. Installiert mit
python setup.py install --prefix=/tmp/anarci
Aber wenn ich es ausführe /tmp/anarci/bin/ANARCI -h, wird kein Modul mit dem Namen ANARCI angezeigt.
Wie gebe ich in diesem Fall die HMMER-Abhängigkeit an? Wie kann ich ANARCI installieren?
Antwort1
Danke für die Antwort. Ihre Vorschläge haben bei mir funktioniert. Ich habe nur geändert, dass ich nach Python Site-Pakete an PYTHONPATH anhängen muss.
Also hat „export PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH“ funktioniert.
Am Montag, 29. Mai 2017 um 18:53 Uhr schrieb Dunbar, James: Hallo Prashant,
Entschuldigen Sie die späte Antwort.
Das Python-Modul „anarci“ muss sich in Ihrer Umgebungsvariable PYTHONPATH und die Binärdatei „hmmscan“ (von hmmer3) in Ihrem PATH befinden.
Führen Sie beispielsweise zuerst mit einer Bash-Shell Folgendes aus:
export PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH export PATH=/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH
dann: /tmp/anarci/bin/ANARCI
Ich hoffe, das hilft. Wenn Sie weitere Fragen haben, lassen Sie es mich wissen.
Beste Grüße, James
Am 29. Mai 2017 um 15:13 schrieb James Dunbar:
---------- Weitergeleitete Nachricht ---------- Von: Prashant Shete <[email geschützt]> Datum: 22. Mai 2017 um 20:18 Uhr Betreff: Antikörpernummerierung – ANARCI Installieren an:[email geschützt]
Hallo James,
Ich habe versucht, ANARCI zu installieren vonhttp://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php
Wie angegeben sind Python 2.6+ und HMMER3 erforderlich. Ich habe anarci tar.gz heruntergeladen, entpackt und python setup.py install --prefix=/tmp/anarci auf einem RHEL 6-Rechner ausgeführt.
Ich habe auch HMMER-3.1 heruntergeladen, Make ausgeführt, Make-Install mit dem Präfix /tmp/HMMER-3.1.
Aber wenn ich /tmp/anarci/bin/ANARCI ausführe, wird kein Modul mit dem Namen anarci angezeigt. Liegt es daran, dass ich keine HMMER-Abhängigkeit angegeben habe? Wenn ja, wie kann ich das tun?